La Copa de Clubes de la CECAFA 1988 fue la decimoquinta edición de este torneo de fútbol a nivel de clubes de África organizado por la CECAFA y que contó con la participación de 9 equipos representantes de África Oriental, África Central y África del Sur.
El Kenya Breweries de Kenia venció a Al-Merreikh Omdurmán de Sudán en la final disputada en Jartum, Sudán para ganar el título por primera vez. El campeón de la edición anterior Nakivubu Villa de Uganda fue eliminado en las semifinales.
Fase de grupos
Grupo A
Todos los partidos se jugaron en la capital Jartum.
Grupo B
Todos los partidos se jugaron en la ciudad de Wad Madani.
Semifinales
Tercer Lugar
Final
Campeón
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